SKS diselenggarakan dengan prinsip:
a. fleksibel;
merupakan penyelenggaraan SKS dengan fleksibilitas pilihan mata pelajaran dan waktu penyelesaian masa belajar yang memungkinkan peserta didik menentukan dan mengatur strategi belajar secara mandiri.
b. keunggulan;
merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik memperoleh kesempatan belajar dan mencapai tingkat kemampuan optimal sesuai dengan bakat, minat, dan kemampuan/kecepatan belajar.
c. maju berkelanjutan; dan
merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik dapat langsung mengikuti muatan, mata pelajaran atau program lebih lanjut tanpa terkendala oleh peserta didik lain.
d. keadilan
merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik mendapatkan kesempatan untuk memperoleh perlakuan sesuai dengan kapasitas belajar yang dimiliki dan prestasi belajar yang dicapainya secara perseorangan.